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医療機関が毎月作成したレセプトの請求方法は、１）紙のレセプトを提出する、２）フロッピーディスクにレセプトデータを保存して提出する、の２通りがあります。

「レセプトオンライン請求」とは、レセプトのデータを電子化し、医療機関からインターネット回線を用いて送信する方法で、新たに加わった請求方法です。厚生労働省は医療費削減を目的に、レセプトの請求方法をオンライン請求だけに限定させるため、全ての医療機関に対し２０１１年４月までにオンライン請求を義務づけるよう省令を変更しました（２００６年４月１０付・厚生労働省令１１１号）

しかし、オンライン請求が義務化されることで、コンピュータに対応できず閉院を余儀なくされる開業医がいること、またコンピュータなどの導入費用が高く、医療機関に重い負担が強いられること、さらには患者さんの医療情報がネット回線を通じて漏れる恐れがあること―など、多くの問題を抱えています。
全国の医療関係団体はレセプトオンライン請求の義務化に反対しています。その先駆けとして、神奈川県保険医協会は今年の１月に、国に対し「義務化撤回」の裁判を起こしました。